在进行细胞分选前，保留一小部分起始样本是非常重要的。 这样有助于评估分选前样品中目标细胞的比率及分选后该细胞的回收率。

各种组织和细胞来源中的细胞比率可以根据已发表的数据来估算。 然而，您感兴趣的细胞的实际比率可能因供体而异，并且取决于是否来自正常的、患病的还是转基因的样本。

细胞回收率：

计算分选后的细胞回收率是评估实验是否成功的宝贵工具。需要准确地得到以下四个数据：

1.分选前起始样本中的细胞总数*

2.目标细胞在起始样本中的比率*

3.分选后的细胞总数

4.分选后目标细胞的纯度

使用以下公式计算细胞回收率：

回收率 = [(#3) x (#4)]/[(#1) x (#2)] X 100%

*为方便起见，您可以在实验结束时将预留的起始样本与您的分选后（富集）样本一并进行分析。

细胞总数：

起始样本和富集样本中的细胞总数可以通过精确的细胞计数来确定。理想情况下，应评估有核细胞（TNC）的总数和细胞活率，但是计算细胞回收率只需要TNC计数。如果使用自动化系统进行细胞计数，需注意仅计数白细胞（排除红细胞）。

目标细胞的纯度：

起始样本和富集样本中目标细胞的比率（或纯度百分比）可以通过流式细胞仪来确定。 细胞分选试剂盒的产品说明书为如何评估该特定细胞的纯度提供了建议。要注意，一些阳性分选试剂盒可能存在表位占据问题，因此需要遵循产品说明书的指示，以确保准确地评估细胞纯度（例如使用特异性抗体克隆，或在进行细胞分选时，同时加入染色抗体和分选抗体混合物）。 另外，需要注意对活细胞设门以提高准确性。