预测的M.W.基于蛋白质序列分析，然而，有些因素可能导致观察到的波段大小与预测的大小不同。

原因可能包括：

1.翻译后修饰（PTM）：

a. 一些翻译后修饰可能导致蛋白质大小增加，包括磷酸化，乙酰化，甲基化，糖基化，SUMO化，泛素化，等等

b. 一些翻译后修饰可能导致蛋白质大小减少，比如磷脂酰乙醇胺结合（例如LC3-II）

C. 一些蛋白质可能被切割形成活性或成熟形式，这个过程将会导致蛋白质大小降低（例如Notch活化，Caspase活化等）

d. 有些网站会提供有用的PTM信息：

   HPRD //www.hprd.org/

   ProSite //www.expasy.org/prosite/

   ELM //elm.eu.org/

   CBS data sets //www.cbs.dtu.dk/databases/

   CBS prediction Servers //www.cbs.dtu.dk/services/

2. mRNA剪接变体（同种型）：

通过选择性剪接，一个基因可以产生具有不同M.W.的不同蛋白。选择性剪接的调节取决于细胞类型，条件等

3.多聚化：

一些蛋白质可能形成二聚体或多聚体，增加M.W.这种现象通常可以在减少凝胶条件中发现;然而，即使在变性凝胶中，较高分子量的蛋白仍然可以看到强烈的相互作用

4.蛋白质电荷：

观察到的条带大小也可能受到蛋白质电荷的影响

5.不同的物种：

不同的物种可能具有不同的蛋白质序列和PTM，这可导致不同的蛋白质M.W.